«Милые кости» — это история, рассказанная от лица девочки по имени Сюзи Сэлмон, которая в возрасте 14 лет была изнасилована, убита и расчленена человеком, жившим по соседству. Преступление совершается на самых первых страницах книги, его дата — 6 декабря 1973 года; следующие несколько лет Сюзи, попавшая в свой персональный рай, наблюдает за жизнью своих близких и убийцы и размышляет об их судьбах. Сюзи не может повлиять на происходящее в её отсутствие на Земле, однако несколько раз ей удаётся на короткое время появиться перед своими родными, и более того, однажды девочка вселяется в тело девушки Рут для того, чтобы заняться любовью с парнем, в которого она была влюблена в школе. Сюжет романа носит линейный характер: почти всё повествование сводится к тому, что Сюзи, видя «сверху» то, что происходит после её смерти, комментирует происходящие, иногда с краткими экскурсами в прошлое или будущее. История, начинаясь с гибели Сюзи, следует через распад семьи Сэлмон и завершается рождением ребёнка у Линдси, младшей сестры Сюзи.